Lesotho hat auch nach der Schließung der Deutschen Botschaft in Maseru 1994 eine Vertretung in Berlin beibehalten. Anfang 2005 eröffneten Deutschland und Frankreich im Gebäude der Alliance Française in Maseru eine gemeinsame konsularische Anlaufstelle. Seit 2024 ist Deutschland wieder mit einer Honorarkonsulin in Maseru vertreten. Auch im Rahmen von EU-Konsultationen findet ein regelmäßiger Austausch mit der lesothischen Regierung sowie Zivilgesellschaft statt.

Nach einem ersten offiziellen Besuch von König Letsie III. im April 2013 besuchte er Deutschland im März und Mai 2023 in Begleitung u.a. von Außenminister Lejone erneut. Im März wurde er von Bundespräsident Steinmeier zum Gespräch empfangen, im Mai reiste er auf Einladung des Bundestages. Der erste Besuch durch ein deutsches Staatsoberhaupt in Lesotho erfolgte im Dezember 2024 durch Bundespräsident Steinmeier.

Deutschland ist im Rahmen der regionalen Zusammenarbeit mit der Entwicklungsgemeinschaft des südlichen Afrikas (Southern African Development Community, SADC) und mittels der EU in Lesotho engagiert. Hierbei liegen die Schwerpunkte bei Projekten zum Wassermanagement, zum Ausbau erneuerbarer Energien, Aufbau regionaler Wertschöpfungsketten und zur Prävention geschlechtsspezifischer Gewalt. Darüber hinaus sind nicht-staatliche Träger aus Fördermitteln des BMZ in Lesotho aktiv. Die GIZ ist mit einem Büro in Maseru vertreten. In Zusammenarbeit mit einem Archiv in Morija wird ein Kulturerhaltprojekt umgesetzt.

Der deutsche Handel mit Lesotho hat bisher einen geringen Umfang. Die Regierung Lesothos wirbt um Investitionen aus Deutschland.

Auf hochschulpolitischem Gebiet gibt es eine Zusammenarbeit mit der einzigen Universität des Landes, der National University of Lesotho, mittels Stipendien des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD), wodurch ein beidseitiger Austausch von Studierenden und Lehrkräften ermöglicht wird.