Aufgrund seiner relativen Stabilität und strategischen Lage am von unterschiedlichen Krisen und Konflikten geprägten Horn von Afrika ist Dschibuti von überregionaler Bedeutung. Dieser wurde Deutschland mit der Eröffnung einer Botschaft im Jahr 2010 gerecht. Dschibuti unterhält seit Herbst 2011 eine seiner 23 Botschaften weltweit in Berlin. Bilaterale diplomatische Beziehungen existieren seit der Unabhängigkeit Dschibutis 1977 und sind freundschaftlich geprägt.

Die EU-Operationen EUNAVFOR ATALANTA, zur Bekämpfung der Piraterie am Roten Meer (seit 2008), und EUNAVFOR ASPIDES, zum Schutz der Freiheit der Seewege (seit 2024), unterhalten Verbindungsbüros in Dschibuti. Im Rahmen von ASPIDES dient Dschibuti zudem seit Ende Februar 2024 den EU-Mitgliedstaaten als Versorgungshafen. Im Zuge der militärischen Beteiligung an EUNAVFOR ASPIDES hat die Bundesregierung die Kooperation der Bundeswehr mit der Nationalen Dschibutischen Polizei wieder aufgenommen und Ende 2025 einen Militärattachéstab in der Deutschen Botschaft in Dschibuti eingerichtet.

Dschibuti ist kein Partnerland der deutschen Entwicklungszusammenarbeit. Es profitiert jedoch von Regionalprojekten, die das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung über die Regionalorganisation IGAD (Intergovernmental Authority on Development) und die Afrikanische Union finanziert. Nach dem Auslaufen des EU Nothilfe Treuhandfonds für Afrika (EUTF) kommen nun EU-Mittel aus dem Nachfolgeinstrument NDICI neben den Geflüchteten in Dschibuti auch der lokalen Bevölkerung zugute.

Investitionspotential für deutsche Unternehmen bietet Dschibuti insbesondere in den Bereichen Transport, Logistik (Häfen), Erneuerbare Energien (Photovoltaik, Wind, Geothermie) und Digitalisierung. Es gibt keine für Dschibuti zuständige Außenhandelskammer, ein Investitionsförderungs- und -schutzvertrag zwischen Deutschland und Dschibuti besteht nicht.