Das Auswärtige Amt hat für seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sowie für deren Familienangehörige eine erweiterte Verantwortung hinsichtlich der besonderen gesundheitlichen Risiken, vor allem an Dienstorten mit eingeschränkter Gesundheitsversorgung. Diese Aufgabe nimmt im Wesentlichen der amtseigene Gesundheitsdienst auf Grundlage des Gesetzes über den Auswärtigen Dienst (GAD) sowie der geltenden arbeitsmedizinischen Rechtsvorgaben (insbesondere ASIG, ArbSchG, ArbMedVV, ArbStättV, BKV) wahr.

Der Gesundheitsdienst ist im Ausland mit zehn Ärztinnen und Ärzten sowie zehn Laborfachkräften präsent. Aktuell gibt es die sogenannten Regionalarztdienststellen in Buenos Aires, Mexico City, Accra, Nairobi, Pretoria, Beirut, Moskau, New Delhi, Peking und Jakarta. Die Regionalärztinnen und -ärzte betreuen jeweils mehrere Länder in den entsprechenden Regionen. In Berlin und Bonn arbeitet ein erfahrenes Team, das aus Ärztinnen und Ärzten, Psychiaterinnen und Psychiatern, Psychologinnen und Psychologen, Sozialarbeiterinnen und Sozialarbeitern, Laborfachkräften und Verwaltungsangestellten besteht. Insgesamt umfasst der Gesundheitsdienst weltweit etwa 50 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Jährlich werden mehrere tausend Untersuchungen (personalärztlich und im Rahmen der arbeitsmedizinischen Vorsorge) durchgeführt.

Fachfragen aus dem gesamten Themenkreis Medizin im Ausland werden im Gesundheitsdienst bearbeitet und entschieden. In Berlin wird zudem der Bereich „Medical Intelligence“ abgedeckt, um die Öffentlichkeit über Gesundheitsgefahren zu informieren und Reisende zu beraten. Hierzu gibt es einen intensiven Austausch mit nationalen und internationalen Partnern und den Regionalarztdienststellen. Eine weitere wichtige Aufgabe liegt in der notärztlichen Beratung und Betreuung von Delegationen der Bundesregierung, insbesondere bei Reisen des Bundeskanzlers und des Außenministers.

Der Gesundheitsdienst versucht, die Multiplikatoren in Reise- und Impfmedizin im deutschen Sprachraum zu erreichen und zu informieren. Dem dient u.a. das jährliche Symposium für internationale Gesundheit und ein intensiver Austausch mit Betriebsärztinnen und -ärzten der deutschen Industrie.