Lesotho behielt auch nach der Schließung der Deutschen Botschaft in Maseru 1994 eine Vertretung in Berlin. Anfang 2005 eröffneten Deutschland und Frankreich im Gebäude der Alliance Française in Maseru eine gemeinsame konsularische Anlaufstelle. Seit 2024 ist Deutschland wieder mit einer Honorarkonsulin in Maseru vertreten. Auch im Rahmen von EU-Konsultationen findet ein regelmäßiger Austausch mit der lesothischen Regierung sowie Zivilgesellschaft statt.

Nach einem ersten offiziellen Besuch von König Letsie III. im April 2013 besuchte er Deutschland 2023 und 2025 in Begleitung u.a. von Außenminister Lejone erneut. Der erste Besuch durch ein deutsches Staatsoberhaupt in Lesotho erfolgte im Dezember 2024 durch Bundespräsident Steinmeier. Zuvor nahm die damalige Staatsministerin Katja Keul (Auswärtiges Amt) im Oktober an den Feierlichkeiten zum 200. Jahrestag der Basotho-Nation in Lesotho teil.

Deutschland ist im Rahmen der regionalen Zusammenarbeit mit der Entwicklungsgemeinschaft des südlichen Afrikas (Southern African Development Community, SADC) und mittels der EU in Lesotho engagiert. Die Schwerpunkte sind Wassermanagement, Ausbau erneuerbarer Energien, Aufbau regionaler Wertschöpfungsketten und Unterstützung des Handels, sozialer Sicherungssysteme und Kommunalentwicklung. Darüber hinaus sind nicht-staatliche Träger aus Fördermitteln des BMZ in Lesotho aktiv. Die GIZ ist mit einem Büro in Maseru vertreten. In Zusammenarbeit mit einem Archiv in Morija wird ein Kulturerhaltprojekt umgesetzt.

Der deutsche Handel mit Lesotho hat bisher einen geringen Umfang. Die Regierung Lesothos wirbt um Investitionen aus Deutschland. Über das Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen EU und SADC ist Handel möglich.

Auf hochschulpolitischem Gebiet gibt es eine Zusammenarbeit mit der einzigen Universität des Landes, der National University of Lesotho, über Stipendien des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD).