Das Auswärtige Amt hat für seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter im Inland sowie für deren Familienangehörige eine erweiterte Verantwortung hinsichtlich der besonderen gesundheitlichen Risiken, vor allem an schwierigen, gesundheitlich problematischen Dienstorten. Diese Aufgabe nimmt im Wesentlichen der amtseigene Gesundheitsdienst wahr, und zwar auf der Grundlage des Gesetzes über den Auswärtigen Dienst (GAD) sowie der geltenden arbeitsmedizinischen Rechtsvorgaben (insbesondere ASIG, ArbSchG, ArbMedVV, ArbStättV, BKV).

Der Gesundheitsdienst ist mit neun Ärzten und neun Medizinisch-Technischen Assistentinnen/Arzthelferinnen/Krankenschwestern in tropischen oder schwierigen Regionen vor Ort präsent (Regionalarztdienststellen). In Berlin und Bonn arbeiten zusätzlich sechs erfahrene Tropen-/Betriebsärzte, sowie mehrere Psychiater und Psychologen, Sozialarbeiter/-innen, Laborfachkräfte uvm. Insgesamt umfasst das Team des Gesundheitsdienstes weltweit ca. 50 Mitarbeiter/-innen. Jährlich werden mehrere Tausend Untersuchungen (personalärztlich und im Rahmen der arbeitsmedizinischen Vorsorge) durchgeführt.

Fachfragen aus dem gesamten Themenkreis Medizin im Ausland werden im Gesundheitsdienst bearbeitet und entschieden. Eine weitere wichtige Aufgabe liegt in der Beratung und Betreuung von Delegationen der Bundesregierung, insbesondere der Bundeskanzlerin und des Außenministers, gelegentlich auch anderer Ressorts oder Abgeordneter des Bundestages.

Der Gesundheitsdienst versucht, die Multiplikatoren in Reise- und Impfmedizin im deutschen Sprachraum zu erreichen und zu informieren. Dem dient neben dieser Website das jährliche Symposium Reise- und Impfmedizin und ein intensiver Austausch mit Betriebsärzten der deutschen Industrie.