Die diplomatischen Beziehungen zwischen Deutschland und Südsudan wurden mit der Unabhängigkeit Südsudans am 9. Juli 2011 aufgenommen.

Im Rahmen ihres Stabilisierungsengagements unterstützt die Bundesregierung die Umsetzung des erneuerten Friedensabkommens von 2018. Hierzu zählen u.a. die Verbesserung rechtsstaatlicher Strukturen, sowie die Versöhnung und Stärkung der Zivilgesellschaft, die Vorbereitung von freien und fairen Wahlen und des Verfassungsgebungsprozesses. Dazu leistet Deutschland einen substanziellen Beitrag zum Stabilisierungsfonds der Vereinten Nationen (South Sudan Reconciliation, Stabilization and Resilience Trust Fund) und ist mit rund einem Dutzend Soldatinnen und Soldaten an der Friedensmission der Vereinten Nationen in Südsudan (UNMISS) beteiligt.

Von gut 12 Millionen Einwohnern sind etwa 9 Millionen auf humanitäre Hilfe angewiesen, darunter rund 2 Millionen Binnenvertriebene und zusätzlich 2,3 Millionen Flüchtlinge in den Nachbarländern. Die Bundesregierung engagiert sich im Rahmen der humanitären Hilfe und ist dort einer der größten Geber.

In der Entwicklungszusammenarbeit steht die möglichst schnelle und wirksame Unterstützung besonders hilfsbedürftiger Bevölkerungsgruppen im Vordergrund, d.h. vor allem von Frauen und Kindern, Binnenvertriebenen, Flüchtlingen und aufnehmenden Gemeinden. Mit seinen Kriseninstrumenten zielt das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) darauf ab, die Lebensbedingungen dieser Gruppen zu verbessern und ihre Widerstandsfähigkeit in Krisensituationen zu stärken. Ebenso werden Strukturen zur Förderung der langfristigen Entwicklung des Landes geschaffen, insbesondere in den Bereichen Ernährungssicherung und ländliche Entwicklung, Wasser- und Sanitärversorgung sowie Stärkung lokaler Verwaltungsstrukturen.

Im Bereich Kultur und Bildung wird eine kleine, aber engagierte künstlerische Szene mit Literaten, Filmemachern (u.a. Juba Film Festival), Musikern und Tanzgruppen durch die deutsche Botschaft in Dschuba  gefördert.