Die enge Verbindung zwischen Deutschland und der Mongolei reicht bis in die 1920er Jahre zurück. Sie wurde auch durch die guten Beziehungen der DDR zur Mongolischen Volksrepublik geprägt.

Seit dem demokratischen Neuanfang der Mongolei 1990 hat sich eine enge Partnerschaft mit dem wiedervereinigten Deutschland entwickelt, die sich auf alle Bereiche des politischen, wirtschaftlichen und kulturellen Lebens erstreckt. Die Mongolei sieht Deutschland als ihren „Drittnachbarn“ und wichtigsten Partner innerhalb der Europäischen Union an. 

Grundlage der Beziehungen sind die Gemeinsame Erklärung über umfassende Partnerschaftsbeziehungen vom 05.09.2008 sowie das Abkommen über Zusammenarbeit im Rohstoff-, Industrie- und Technologiebereich vom 13.10.2011.

International treten beide Staaten, insbesondere im Rahmen der Vereinten Nationen, für Demokratie und Menschenrechte ein. Nach Beendigung des langjährigen gemeinsamen sicherheitspolitischen Engagements in Afghanistan Mitte 2021 wird die militärpolitische Zusammenarbeit derzeit z.B. im Rahmen der Gebirgsjägerausbildung fortgesetzt.

Im Rahmen der entwicklungspolitischen Zusammenarbeit ist Deutschland nach Japan und Südkorea der drittgrößte traditionelle Geber und der größte Geber innerhalb der Europäischen Union. Die Entwicklungszusammenarbeit konzentriert sich auf die Themen Energieeffizienz, Biodiversität und nachhaltige Wirtschaftsförderung. Ein besonderer Fokus liegt auf der beruflichen Ausbildung im Handwerks- und Hochschulbereich. Neben den staatlichen deutschen Akteuren GIZ, KfW, Physikalisch-Technische Bundesanstalt und Bundesanstalt für Geowissenschaften und Rohstoffe sind auch drei politische Stiftungen (Konrad Adenauer-, Friedrich Ebert- und Hanns Seidel-Stiftung) seit vielen Jahren im Lande aktiv.

Schwerpunkt der bilateralen Wissenschaftskooperation sind die archäologischen Forschungen von DAI, Uni Bonn und der Mongolischen Akademie der Wissenschaften auf dem Areal der alten Hauptstadt Karakorum und Karabalagsun, der alten Hauptstadt der Uighuren, zum Schwerpunkt der bilateralen Wissenschaftskooperation entwickelt.

Der wirtschaftliche Austausch zwischen Deutschland und der Mongolei ist stark ausbaufähig. In den letzten Jahren erzielte Deutschland regelmäßig einen deutlichen Exportüberschuss.