Gabun ist mit seinem großen Rohstoffreichtum als Land mittleren Einkommens eingestuft und zählt als solches nicht zum Kreis der Partnerländer der bilateralen deutschen Entwicklungszusammenarbeit.

In den Bereichen Wissenschaft und Forschung sowie beim Klimaschutz und dem Erhalt der Biodiversität besteht eine historisch gewachsene bilaterale Zusammenarbeit. Es besteht zudem ein Austausch von Studierenden sowie Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern. Das seit 1981 bestehende „Centre des Récherches Médicales de Lambaréné“ (CERMEL) ist eines der führenden Einrichtungen der Malariaforschung und arbeitet eng mit dem deutschen Zentrum für Infektionsforschung und dem Institut der Tropenmedizin der Universität Tübingen und anderen deutschen Universitäten zusammen.

An der staatlichen Universität Omar Bongo in Libreville wurde 2010 der Fachbereich Deutsch eingerichtet. Zwei Schulen mit Deutschunterricht werden besonders gefördert („PASCH-Schulen“).