Aufgrund seiner Stabilität und strategischen Lage in der Krisenregion Horn von Afrika ist Dschibuti von überregionaler Bedeutung. Dieser wurde Deutschland mit der Eröffnung einer Botschaft im Frühjahr 2010 gerecht; Dschibuti hat im Herbst 2011 eine Botschaft in Berlin eröffnet. Die bilateralen diplomatischen Beziehungen existieren bereits seit der Unabhängigkeit Dschibutis 1977 und sind freundschaftlich geprägt. Deutschland beteiligt sich zudem im Rahmen der EU-Operation EUNAVFOR Atalanta seit 2008 am Kampf gegen Piraterie vor der Küste Somalias. In diesem Rahmen war bis Mai 2021 ein Kontingent der Bundeswehr in Dschibuti stationiert.

Dschibuti ist kein Partnerland der deutschen bilateralen Entwicklungszusammenarbeit. Es profitiert aber von durch Deutschland geförderten regionalen Projekten, die über die Regionalorganisation IGAD (Intergovernmental Authority on Development) abgewickelt werden (Sitz in Dschibuti), sowie auch von EU-und VN-finanzierten Maßnahmen.

Schwerpunkte des EU-Engagements sind Infrastrukturprojekte, insbesondere im Straßenbau und im Wasser- und Sanitärbereich, sowie makroökonomische Unterstützung und Hilfe bei guter Regierungsführung. Bisher größtes Projekt der EU ist der Bau einer Meerwasserentsalzungsanlage mit einem Gesamtvolumen von über 70 Mio. Euro, welche im März 2021 in Betrieb genommen wurde. Mittel aus dem EU-Nothilfe Treuhandfonds für Afrika (EUTF) kommen nicht nur den Geflüchteten (ca. 30.000 Flüchtlinge bei 1 Mio. Einwohnern), sondern auch der lokalen Bevölkerung zugute.

Deutschland unterstützt Binnenvertriebene und Flüchtlinge in Somalia und den Nachbarländern (inklusive Dschibuti, Kenia, Jemen, und Äthiopien) mittels einer flexiblen regionalen Förderung des UNHCR.

Weiterhin fördert die Bundesregierung über das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung die Regionalorganisation IGAD u.a. in den Bereichen „Verbesserung der Dürreresilienz und Ernährungssicherung“ sowie „regionale Migrationspolitik“.

Investitionspotential für deutsche Unternehmen bietet Dschibuti insbesondere in den Bereichen Transport, Logistik und Erneuerbare Energien (Photovoltaik, Wind, Geothermie). Für den letzteren Bereich hat die Stadt Karlsruhe mit Dschibuti eine Forschungskooperation vereinbart.