Die diplomatischen Beziehungen zwischen Deutschland und Südsudan wurden mit der Unabhängigkeit Südsudans am 9. Juli 2011 aufgenommen.

2024 sind rund 73 Prozent der Bevölkerung (9 Mio. Menschen) auf humanitäre Hilfe angewiesen, darunter eine große Zahl von Binnenvertriebenen. Die Bundesregierung engagiert sich im Rahmen der humanitären Hilfe und ist dort einer der größten Geber. Schwerpunkte sind Flüchtlings- und Nahrungsmittelnothilfe, Schutz- und Hygienemaßnahmen. Verschiedene Projekte im Stabilisierungsprozess fördern die Teilhabe von Frauen und unterstützen die Prävention sexualisierter und genderbezogener Gewalt. Im Rahmen ihres Stabilisierungsengagements unterstützt die Bundesregierung die Umsetzung des Friedensabkommens von 2018. Hierzu zählen u. a. die Verbesserung rechtsstaatlicher Strukturen, Stärkung der Zivilgesellschaft und der Verfassungsgebungsprozess. Deutschland ist personell und finanziell an der Friedensmission UNMISS beteiligt. Die EU ist ebenfalls wichtiger Partner in der Entwicklungszusammenarbeit und Geber humanitärer Hilfe.

Die Entwicklungszusammenarbeit fokussiert sich auf Vorhaben zur Unterstützung besonders hilfsbedürftiger Bevölkerungsgruppen, v. a. von Frauen und Kindern, Binnenvertriebenen, Flüchtlingen und Rückkehrenden aus Sudan und Äthiopien sowie aufnehmenden Gemeinden. Deutschlands strukturbildende Übergangshilfe zielt darauf ab, die Ernährungssicherheit und die Regierungsführung zu verbessern. Gleichzeitig werden Strukturen zur langfristigen Entwicklung des Landes geschaffen, insbesondere in den Bereichen ländliche Entwicklung, Wasser- und Sanitärversorgung sowie Stärkung der lokalen Verwaltungsstrukturen.

Im Bereich Kultur und Bildung wird eine kleine, aber engagierte künstlerische Szene mit Literaten, Filmemachern (u.a. Juba Film Festival), Musikern und Tanzgruppen durch die deutsche Botschaft in Dschuba gefördert. Auch das Goethe-Institut fördert von Äthiopien aus Kulturprojekte im Südsudan.

Im Rahmen ihrer Ostafrikareise besuchte Außenministerin Annalena Baerbock am 26. Januar 2024 auch Südsudan.